Mit dem Frühjahr halten auch verschiedene Fliegenarten Einzug in die Ställe von Schweinen, Rindern und anderen Nutztieren. Einen optimalen Lebensraum finden Stuben- und Stallfliegen besonders in eingestreuten Ställen. Da sich Fliegen extrem schnell vermehren können und dadurch zu Plagegeistern werden, die das Wohlbefinden der Tiere stark stören können, sollte schon im Frühjahr mit der Bekämpfung begonnen werden. So sollten die Eintragsquellen minimiert werden, damit nicht zu viele Fliegen in den Stall gelangen. Das kann gelingen, wenn die Türen unverzüglich wieder geschlossen und Fliegengitter vor den Fenstern angebracht werden. Weiterhin empfiehlt es sich, die Brutstätten im Stall zu minimieren (Futterzentrale sauber halten, Kot- und Futterreste entfernen, Endkappen bei Aufstallungsprofil, Güllekanäle möglichst komplett entleeren, ggf. spülen) und in nicht belegten Buchten, Kot und Futterreste zügig zu entfernen.
Auf Biobetrieben sind Maßnahmen zur direkten Bekämpfung von Fliegen nur eingeschränkt möglich. Natürliche Wirkstoffe sowie Nützlinge zur Bekämpfung der Stallfliegen in unterschiedlichen Entwicklungsstadien sind über den Fachhandel erhältlich, ersetzen aber sauberes Arbeiten im Stall und eine gute Stallhygiene nicht. Um eine schnelle Vermehrung der Fliegen zu verhindern, können zudem Güllefliegen im Güllebereich sowie Schlupfwespen im Mistbereich eingesetzt werden.